Manuel Lindauer begann seine berufliche Laufbahn im Jahr 2000 am Fraunhofer IBP und unterstützte dort u.a. bei der Entwicklung des institutsweit eingesetzten Mess- und Steuerungssystem IMEDAS. Nach dem Mathematikstudium an der LMU München arbeitete er als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Zentrum für nachhaltiges Bauen der TU München und promovierte dort 2017. Während dieser Zeit bearbeitete und leitete er diverse Forschungsprojekte zum Fortschritt der Gebäudesanierung, zur Steigerung der Energieeffizienz und zur Nutzung erneuerbarer Energien in Gebäuden. Anschließend entwickelte er bei CalCon Energie- und CO2-Analysemethoden für eine strategische Instandhaltungssoftware. Seit Dezember 2024 arbeitet er als Ingenieur am FIW.